环境科学与工程省级优势特色重点学科，是2011年云南省教育厅批准建设的重点学科。该学科针对云南省为内陆多山省份，全省94%的面积为山地，又地处低纬度、高海拔区域。主要存在人均耕地面积减少，耕地质量下降，水土流失严重，农村生态环境恶化等农村生态环境问题；同时，云南的九大高原湖泊由于农业面源污染，存在不同程度的水体富营养化；云南又是以农业生产为主的省份，农业生产过程中产生的大量农作物秸秆和畜禽粪便等农业固体废弃物资源化利用很低，造成了资源的极大浪费，也为农业面源污染控制加重了负担；云南省的矿产资源丰富，有“有色金属王国”之称，土壤重金属背景值偏高，加上大量矿产资源开采带来土壤重金属污染严重，以及土壤中普遍存在的农药和化肥污染，对农产品质量造成严重威胁等诸多问题。 以生态学、土壤学、环境科学、环境工程的理论为基础，采用宏观生态学技术与微观分子生物学技术相结合的方法，立足于云南低纬度、高海拔区域丰富多样的气候和环境条件，针对农业生态环境严重恶化，农业固体废弃物利用率低、高原湖泊农业面源污染严重、土壤中重金属的背景值较高现状，研究生物多样性与环境污染和环境变化之间的相互作用，揭示其本质和基本规律，利用农业生物多样性保护农业生态环境。

研究土壤物质循环与面源污染和环境变化之间的相互作用，污染物的迁移、转化、积累的过程与规律，探索化肥、农药、重金属等主要污染物对生态系统的毒性影响机理、富营养化及控制措施，揭示主要污染物对生态系统的影响机制，构建利用土壤物质循环体系控制农业面源污染。

基于农作物秸秆和畜禽粪便资源化利用的养分物质循环和以沼气工程为纽带的农村能源物质综合利用循环规律，研究云南特有的农产品加工废弃物（废烟渣、油菜籽及膏桐籽废弃物）、畜禽粪便、蔬菜花卉秸杆等农业有机废弃物进行无害化、高附加值肥料化及高效应用技术，开发研制性能稳定、促生和生防效果显著、显著提高农产品安全性、高附加值的有机肥料，建立高产优质、资源节约、环境友好的农业资源高效利用与可持续利用综合技术，植物纤维性废弃物、畜禽粪便、农村生活垃圾等固体废弃物的沼气发酵综合利用技术。

研究利用植物、微生物或者植物-微生物联合修复体等为基础，结合各种物理修复、化学修复以及工程技术措施，通过优化组合和技术再造，使之达到最佳效果和最低耗费，以治理土壤中的重金属和有机物污染。

通过本学科在以上领域的研究工作以及技术成果的推广应用，对于改善云南农业生态系统结构和功能，以保持水土和合理施肥控制农业面源污染，农作物秸秆与畜禽粪便资源化利用，以及利用生物多样性治理农田土壤重金属和有机污染，发展生态农业的应用模式和技术体系，提高农业资源利用率，推动生态农业建设和农业可持续发展，保障粮食安全和农业安全生产等方面作出了重要贡献。

本学科现有一批学术水平高、创新能力强、在国内外有较大影响的学科带头人以及一支年龄结构、学历结构、学缘结构合理学术梯队，专职教学研究人员35人，其中教授6人，副教授或高级实验师9人，讲师或实验师18人，从学历结构看，博士及在读博士16人，硕士及在读硕士16人。其中博士生导师6人；有国家新世纪百千万人才、全国高校专业教学指导委员会副主任委员、省级教学名师、云南省中青年学术带头人等优秀师资。